Toch is het Standaardmodel een onvolledige theorie, want er blijven knellende vragen:

Waarom zijn er drie generaties van quarks en leptonen?

Zijn quarks en leptonen echt fundamenteel, of zijn ze ook weer opgebouwd uit nog fundamentelere deeltjes?

Waarom kan het Standaardmodel niet de massa van een deeltje voorspellen?

Waarom nemen we in het heelal bijna alleen gewone materie waar; bij symmetrie zou er toch even veel antimaterie moeten zijn?

Hoe past de zwaartekracht in het Standaardmodel?

We weten dat er veel meer materie in het heelal moet zijn dan we waarnemen. Wat is die donkere materie?

Vragen zoals deze brengen deeltjesfysici ertoe weer nieuwe en betere versnellers te bouwen, zodat antwoorden aangewezen kunnen worden door botsingen bij nog hogere energie.